I den verden, hvor papirmænd bor, afholdes en hånd-til-hånd kampturnering i dag. Du i spillet Paper Fighter 3D vil være i stand til at deltage i det. Efter at have valgt din karakter, vil du finde dig selv i arenaen for kampe. Modsat din karakter vil være en fjende. Ved signalet begynder duellen. Hvis du behændigt kontrollerer din karakter, bliver du nødt til at komme tæt på fjenden og angribe ham. Hvis du påfører fjendens krop og hoved, udfører vanskelige tricks, bliver du nødt til at nulstille hans livs niveau og derefter sende ham til en knockout. Dermed vinder du duellen, og du får et vist antal point for dette.
