En sjov hund, der er i stand til at svømme under vandet i dag, ønsker at samle så meget mad som muligt. Du i spillet Bubble Guppies: Popaton vil hjælpe ham i dette eventyr. Foran dig vil din karakter være synlig på skærmen, som vil være under vand. Ved hjælp af kontroltasterne styrer du dens handlinger. Din helt vil gradvist rejse sig. Der vil være bobler undervejs. De vil indeholde mad og uspiselige genstande. Når du behændigt administrerer din helt, bliver du nødt til at sørge for, at han manøvrerer i vandet for at samle alle de bobler, hvori der er nyttig mad, der passer til ham. For hver genstand, du henter i spillet Bubble Guppies: Popaton, giver du point. Hvis din karakter kun griber nogle få uspiselige genstande, vil du tabe runden.