Eksperimenter blev udført på hovedpersonen i Mutant Escape-spillet i et hemmeligt laboratorium. Forskere bragte en mutant fra ham til militære behov. Engang glemte en af vagterne at lukke døren til cellen, og vores helt var i stand til at komme ud. Nu vil han være i stand til at flygte, og du vil hjælpe ham med dette. Ved hjælp af kontroltasterne vil du angive, i hvilken retning din karakter skal bevæge sig. På vejen bliver han nødt til at samle forskellige genstande og våben. Vagter går rundt i laboratoriet, som din karakter skal deltage i kamp med. Ved at skyde præcist vil du ødelægge dine modstandere og for dette vil du få point i Mutant Escape spillet. Du kan også hente trofæer, der kan falde ud af vagterne.
