På rejse gennem galaksen støder en forsker ved navn Tom konstant på forskellige gamle artefakter. For at din helt kan komme til dem, skal han løse forskellige gåder. Du i spillet Puzzle Galaxies vil hjælpe ham med dette. Foran dig på skærmen vil du se et design, der består af kuber. Hver af dem vil blive opdelt inde i et lige antal firkantede zoner. I hver zone vil du se en bold af en bestemt farve. Ved hjælp af kontroltasterne vil du rotere kuberne rundt om dens akse i rummet. Din opgave er at indstille disse elementer, så alle kuglerne er arrangeret i en bestemt rækkefølge. Så snart du gør dette, får du et vist antal point i Puzzle Galaxies-spillet, og du vil gå videre til næste niveau i spillet.
