En fyr ved navn Tom arbejder i et kemilaboratorium. I dag vil vores helt studere strukturen af molekyler og udføre forskellige eksperimenter. Du i det nye online spil IDLE Molecules deltager i disse eksperimenter. Foran dig på skærmen vil du se spillefeltet, hvor du vil se molekylerne. De vil være indbyrdes forbundet. Kontrolpaneler vil være synlige fra forskellige sider. Ved signalet fra timeren begynder du at udføre eksperimenter. For at gøre dette skal du meget hurtigt klikke på forskellige molekyler med musen. Hvert af dine klik giver dig et vist antal point. På dem kan du købe forskelligt udstyr og instrumenter til videre forskning.