En flerfarvet væske hældes i reagensglas, mens væsken i nogle beholdere er arrangeret i lag af tre eller endda flere typer. Din opgave i Water Color Sort-spillet er at adskille alle lagene og hælde dem i separate kolber, så hver enkelt er fyldt til toppen med én farve. Så snart kolben er fuld, vil du se et lille glædeligt fyrværkeri og et bip for at markere din mellemsejr. Med hvert nyt niveau vil antallet af glasreagensglas stige, og variationen af farver i væsker vil også vokse. Det betyder, at opgaverne bliver sværere i Water Color Sort.