Zoopasseren stod op om morgenen og begyndte den traditionelle rundvisning af dyrene og blev forbløffet over, hvad han så - alle dyr og fugle var væk. I desperation skyndte han sig at søge, men han ved ikke, hvor han skal lede, så han gik bare videre i Timekeepers. På vejen mødte han en mærkelig person, der præsenterede sig selv som Dr. Lunasi. Det viser sig, at han er skurken, der kidnappede alle dyrene. Ser du, han oprettede et eksperiment, testede sin nye tidsmaskine, og strålen sendt direkte til zoologiske haver, blev alle dens indbyggere transporteret til en parallel verden. Skurken inviterer viceværten til at tage dertil og redde hans dyr, og du vil hjælpe ham i Timekeepers.