Apokalypsen kan ske af forskellige årsager, i spillet Apocalypse Run hjælper du helten, der var i centrum af apokalypsen, der dukkede op som et resultat af maskinernes opstand. Kunstig intelligens, hvis udseende var så ventet og så beundret for sin hurtige udvikling, besluttede, at nu har den ikke brug for folk. Desuden er de endda skadelige, fordi de gør alt forkert, opfører sig ofte irrationelt, ødelægger miljøet og dræber deres egen slags. En stærk tro har dannet sig i maskinens sind, at mennesket er det vigtigste onde på planeten og skal tilintetgøres. Således begyndte den systematiske ødelæggelse af menneskeheden, og helten fra Apocalypse Run ønsker at undgå dette, og du vil hjælpe ham med at bekæmpe robotterne.
