Frugterne i Fruit Ninja er ikke beregnet til at blive spist som salater eller bare for sjov. En masse frugter blev indsamlet af helten fra ninja-spillet, for ikke at miste sine færdigheder med et katana-sværd. Helten arbejder som kok på en cafe, for et par år siden forlod han sit hjemland ikke af egen fri vilje, men skjulte sig for den lokale mafia. Men mafiaens hænder er lange, og de kan finde ham når som helst, hvilket betyder, at du skal være forberedt, og træning er påkrævet. Og da der ikke er noget specielt sportsudstyr ved hånden, bliver du nødt til at bruge frugter. Assistenten vil kaste vandmeloner, bananer, æbler, kiwier og andre frugter, og du vil skære dem i Fruit Ninja.
