Hæren af Skibidi-toiletter brød ind i byen, og nu kan ingen af indbyggerne føle sig trygge. De er ekstremt grusomme og aggressive, men menneskeheden har en del sådanne fjender. Meget mere forfærdeligt er det, at de er i stand til at gøre folk til deres egen slags og konstant øge deres antal. For at forhindre dette i spillet Skibidi Toilets: Infection, besluttede byens myndigheder ikke at lukke nogen af folkene ud på gaden, heller ikke soldater, fordi de er i fare. I stedet for dem blev kameramændene inviteret, da de har immunitet mod virkningerne af monstre og et væld af erfaring med at bekæmpe dem. Du vil kontrollere en af disse specielle agenter. Tag til våben og begynd at finkæmme byens gader. Vær meget opmærksom på situationen omkring, for Skibidi toiletter kan dukke op fra alle retninger, og du skal være klar. Så snart du finder fjenden, så fang ham i sigtekikkerten og begynd at skyde. For hvert ødelagt monster vil du blive tildelt point, og du kan bruge dem til at genopbygge ammunition og forbedre dine våben. Hvert niveau vil have et vist antal Skibidi-toiletter. Du skal eliminere dem alle for at gå videre til næste fase i Skibidi Toilets: Infection.
