En gelékarakter ved navn Misty begiver sig ud på en rejse gennem en unik platformsverden i MystiCloned. Hans vej vil være interessant, men ret vanskelig, hvis du ikke hjælper ham med at overvinde forhindringer. Til dette har helten brug for specielle portaler. Ved at passere gennem dem vil helten modtage et vist antal kloner til sin rådighed. De ligner helten, men er malet sorte. Hvis du vil have, at klonen skal stoppe et bestemt sted, skal du klikke på den med museknappen, og klonen bliver lyserød og bliver på plads. Dette vil være nødvendigt, når du skal rette en knap for at åbne døren. I fremtiden skal du også bruge kloner på forskellige måder for at overvinde forskellige forhindringer i MystiCloned.
