Beboere i en lille by klagede konstant over, at der kun var et tog, der kørte forbi deres station, de havde brug for et andet, og borgmesteren fik endnu et tog til at køre for dem i Train VS Train, men lige fra den dag begyndte problemerne. Togene kunne ikke dele jernbaneskinnerne og stødte konstant sammen. Du skal løse dette problem, og på snesevis af niveauer. Sæt togene i gang på det rigtige tidspunkt, så de går deres vej og stopper uden at forstyrre hinanden. Hvis togene kolliderer. Du bliver nødt til at spille niveauet igen. Det er vigtigt at vælge det rigtige tidspunkt at starte toget på, og så vil alt fungere, og der vil ikke være nogen ulykker i Train VS Train.
