På hvert niveau vil et par helte af helt forskellige niveauer dukke op foran dig. Det kunne være helt almindelige fyre eller piger, superhelte og så videre. Ved starten af Persona Runner vil du se en deltager, hvorfra du skal oprette det, der blev vist dig før løbet. Helten skal samle noget, der vil øge den røde eller blå farve på skalaen. Først bestemmer du hvilken farve der skal dominere og samler kun det der får den til at vokse. Hvis hans niveau ved målstregen er mere end halvdelen af skalaen over heltens hoved, vil du fuldføre niveauet. Og den ydmyge løber bliver til en strålende helt i Persona Runner.
