Animatronics-produktionsfabrikken har været lukket i lang tid, men et dusin vagter er allerede forsvundet der, og det skal der gøres noget ved. Det blev besluttet at lukke fabrikken og lukke den tæt. Men først skal du udføre en oprydning og ødelægge resterne af animatronik, hvis nogen. I FNAF Shooter-spillet bevæbner du dig med to pistoler på samme tid og går og tjekker værkstederne. En overraskelse venter på dig: det viser sig, at der er endnu mere ondt legetøj, end der var før fabrikken lukkede. Al denne tid har de i hemmelighed etableret selvreproduktion, og på hvert niveau vil animatronics springe ud foran dig én efter én. Bare hav tid til at skyde dem i FNAF Shooter.
