Helten i spillet Murder Case Clue 3D er en dreng ved navn Tom, der elsker detektivhistorier. Han har læst alle værkerne om Sherlock Holmes og Hercule Poirot og ved præcis, hvad han vil blive, når han bliver stor. Fyren har længe drømt om at efterforske en rigtig forbrydelse. Men hvem vil tillade ham, for han er stadig en teenager. Men livet bringer af og til overraskelser. Da venner inviterede drengen til at tilbringe en weekend med dem i et landsted, havde han ingen anelse om, hvordan det kunne ende. Da han ankom til den angivne adresse og fandt det ønskede hus, fandt helten det tomt. Alle vennerne gik for at afgive udtalelser til politiet, fordi der var sket et mord i huset. Mens ingen var der, besluttede drengen at undersøge hændelsen. Ingen vil forhindre ham i at lede efter beviser, og du vil hjælpe med hurtigt at fastslå sandheden i Murder Case Clue 3D.
