Mafiaen i Japan kaldes Yakuza og er en meget alvorlig kriminel organisation, der opererer uden for loven efter sine egne regler. Hvis hun har brug for noget, tager hun det, uanset liv og behov hos dem, der står i vejen for dem. Samurai vs Yakuza introducerer dig til en samurai, der vil redde sin landsby. Banditterne kunne lide hende på grund af det gamle tempel, der ligger på hendes territorium. I dette tempel er der flere værdifulde figurer, som lederen af Yakuza ønskede at eje. Vores helt stod i vejen for en hel mafiahær og vil med din hjælp afvise angrebet af sortklædte røvere i Samurai vs Yakuza.
