De farvede løbere, som du vil hjælpe i Pixel Run-spillet, består af små runde pixels. De er skrøbelige og kan bryde selv ved den mindste kollision med en forhindring. I lyset af dette skal du beskytte din lille mand, så han behændigt manøvrerer og undgår alle forhindringer. Hvis dette ikke er muligt, så vælg en mindre forhindring, så helten mister et minimum af sin krop. På samme tid, gå ikke glip af kuglerne, der vil genopbygge de tabte pixels. Selvom helten når målstregen på et ben eller uden hoved, tælles niveauet. Du vil tabe, hvis den lille mand næsten forsvinder, dette bør ikke være tilladt i Pixel Run.
