Et hold modige forskere tager afsted på en rumekspedition for at finde venlige civilisationer i Boblekastet. Under flyvningen kom et bestemt fjendtligt stof ind i skibet, som er fyldt op med flerfarvede bobler og truer med at fange skibet indefra. Heltene fandt ud af, at de kan bekæmpe invasionen med de samme farvede bolde ved at kaste dem og lave grupper på tre eller flere identiske til efterfølgende ødelæggelse. For at fuldføre et niveau i Bubble Throw skal du score det nødvendige antal point. Der er i alt halvtreds niveauer i spillet, og deres kompleksitet er støt stigende.
