Handlingen i spillet Merge Gun: FPS Shooting Zombie vil finde sted i en af de hemmelige baser et sted på de tropiske øer. På en eller anden måde nåede en zombieepidemi dertil, og soldaterne, der tjente der, og indbyggerne i basen blev til sjælløse levende døde. Ved et mirakel lykkedes det dig at undgå infektion. Der er tilsyneladende noget i din krop, der forhindrer virussen i at udvikle sig. Men det gør det ikke nemmere for dig, for nu vil dine tidligere kollegaer rive dig i stykker og æde dig. Det er godt, at du har hele basens arsenal til din rådighed, bestående af femogtyve typer våben. Du kan få det ved at oprette forbindelser før hver start af kampen. Derudover er der tønder brændstof placeret over hele øen, som du kan eksplodere for at ødelægge onde ånder i partier i Merge Gun: FPS Shooting Zombie.
