Seje superhelte skal have værdige fjender, og det har de. Du vil møde en af Batmans svorne fjender i spillet Mr. Fryse. Dette er Mr. Freeze, som engang var Victor Freese, en videnskabsmand, der udførte dristige eksperimenter med kryogen væske. For hans friheds skyld afviste videnskabsmændenes verden ham, og da en ulykke skete med hans kone, blev Victor fuldstændig vred på hele verden. Efter en eksplosion i laboratoriet fik de evnen til at fryse alt omkring dem, og da de slog sig sammen med Black Mask og Penguin, blev de Batmans fjende. I Batman Versus Mr. Frys du vil hjælpe superhelten med at besejre skurken ved at undgå at fryse og ødelægge de isblokke, som monsteret bygger for at fange Batman.
