Bomber er dit våben til at løse problemer i Bomb Master 3D. På hvert niveau skal du ødelægge en bygning lavet af flerfarvede kuber. Desuden er antallet af bomber strengt begrænset. Du vil se et sæt af dem i nederste venstre hjørne. Mens du sigter, vil du se en grå plet - dette er stedet, hvor din bombe vil falde. Men tag højde for chokbølgen, den bliver lidt større, så kuberne bliver ødelagt. Det er nødvendigt at opnå fuldstændig ødelæggelse af blokkene. Hvis der endda er en tilbage, vil niveauet gå tabt, men du kan kun afspille det igen, så længe det er nødvendigt, indtil du fuldfører det i Bomb Master 3D.
