I verden af farvede kasser er der ud af ingenting dukket et kæmpe monster op i Boxes Chaser. Han ser forfærdelig ud og repræsenterer et formløst kadaver med snesevis af onde øjne i forskellige størrelser. De uheldige kasser kan ikke komme ud af skjul for at undgå at blive ofre for monsteret. Så snart nogen dukker op på stien, begynder væsenet at jage, indtil det indhenter. Der skal dog gøres noget ved det, og helten i spillet Boxes Chaser besluttede at bevise sig selv og udføre en heroisk handling, der lokker monsteret i en fælde. Hjælp ham, du skal gennem tyve niveauer, flygte fra forfølgelsen og overvinde forskellige forhindringer i Boxes Chaser.
