Rumlandingsstyrken i Doom 2D blev sendt til Mars, hvor et kompleks ejet af United Space Corporation ligger. Der fandt hemmelig forskning i helvede sted. Laboratoriet blev bygget på en portal, som engang blev opdaget, og videnskabsmænd begyndte at studere det og muligheden for at bruge det til gavn for menneskeheden. Til sidst gik alt slet ikke som planlagt. Dæmoner kravlede ud af portalen og angreb kolonisterne. Faldskærmssoldaten skal hente hemmelige forskningsfiler på harddiske og redde dem, der forbliver i live. Hjælp ham, han bliver nødt til at bevæge sig rundt i lokalerne og kæmpe mod dæmoniske væsner i Doom 2D.
