Den unge og selvsikre ninja tog på en rejse for at få livserfaring efter råd fra en klog lærer. Han havde allerede gået mange kilometer, set meget og befandt sig ofte i forskellige situationer, hvor han skulle bruge sine færdigheder og evner, som han tilegnede sig, mens han studerede i klostret. Men i Cute Shinobi Escape befinder han sig i en situation, hvor han ikke kan komme ud af sig selv, han får brug for din hjælp. Helten gik simpelthen vild, ikke i skoven, men i en gammel bygning. Din opgave i Cute Shinobi Escape er at finde helten og føre ham ud over de gamle bygninger og derefter ud af skoven.
