Ninjaen studerede i lang tid, og endelig er tiden kommet til at bruge hans viden og færdigheder i Dark Ninja Hanjo. Sensei informerede sin elev om, at han var klar til at starte et selvstændigt liv, men samtidig blev den tidligere studerende bedt om at udføre en meget vigtig mission for at genoprette byen. Missionen vil vise, hvor forberedt helten er. Byen fortæres af mørket, for at befri den, bliver du nødt til at bekæmpe dæmoner eller besatte krigere. Ninjaen vil være i stand til at vise, hvad han er i stand til. Modtag instruktioner fra læreren i den indledende fase, han vil ledsage sin elev, men så skal du handle på egen hånd i Dark Ninja Hanjo.
