I Minecrafts verden er der to hovedgrupper - Noobs og Professionals. De kom aldrig overens, fordi de professionelle opførte sig arrogant, altid så ned på Noobs og betragtede dem som dumme og snæversynede. Andre var til gengæld lidt jaloux på deres evner. Trods forskellige stridigheder og konflikter er de nogle gange nødt til at slå sig sammen for at nå fælles mål. Mindst én af dem bliver nødt til at ændre mening i Noob vs Pro Super Hero. Proffen kom i problemer og mistede sine færdigheder, og nu kan kun Noob redde ham, men der er en vigtig betingelse. En af heltene skal finde Super Power Totem. Det vil hænge over heltens hoved og give ham superkræfter. De vil hjælpe begge karakterer med at komme ud af den vilde skov. Totemet kan åbne portaldøre, som vil hjælpe dig med at gå, hvor det er umuligt at hoppe over, og derudover vil det aktivere overgangen til næste niveau. Hver af heltene vil have deres egen opgave. Den ene vil kun være i stand til at bekæmpe fjender, og den anden vil være i stand til at åbne kister og aktivere mekanismer. Du kan kontrollere dem en efter en, men det er bedre at invitere en ven, og så vil du være i stand til at overvinde alle forhindringer meget hurtigere, og desuden vil du have det sjovt i godt selskab med at spille Noob vs Pro Super Hero.
