Et bestemt program i personen af et meget virkeligt væsen, der udadtil ligner en person, ønsker at forlade den digitale matrix, og grunden er, at det vil blive ødelagt i Matrix Escape. Helten vil finde den såkaldte bagdør, og for at gøre dette skal han bevæge sig meget hurtigt. Matrixen er bestemt; den vil forsøge at afskære alle stier. Alt, hvad du kan stole på, forsvinder på et øjeblik, så du kan ikke blive hængende i et splitsekund, men hele tiden bevæge dig fremad og hoppe fra en blok til en anden. Du har brug for fingerfærdighed, smidighed og hurtig reaktion i Matrix Escape.
