Helten i spillet Counter-Strike: Reboot bliver nødt til at deltage i tolv missioner med din hjælp. Fordi indholdet holdes strengt hemmeligt, vil mål blive afsløret, når du fuldfører den forrige mission. Den første hedder Alpha, og din opgave er at afvise angrebet af terrorister, der ønsker at erobre din base. På andre missioner bliver du nødt til at udføre andre opgaver, såsom: befri gidsler, ødelægge terrorbaser, rydde miner og så videre. Alle missioner er begrænset i tid, du skal løse problemer hurtigt og effektivt i Counter-Strike: Reboot.
