Magikere på forskellige niveauer, troldmænd, troldmænd og endda hekse bruger specielle magiske sfærer, hvor de ser fremtiden eller fortiden. Hver kugle kan udføre en bestemt funktion. Desuden kommer kuglerne i forskellige niveauer og jævne størrelser. Spillet 3D Balls: Merge inviterer dig til at besøge stedet, hvor magiske bolde dannes, dette sted er kun tilgængeligt for højmagikere og nu for dig. Boldene vil falde ned på din kommando, så du sikrer, at to identiske bolde støder sammen. Som følge heraf vil en fusion forekomme, og en kugle med større diameter og højere niveau vises i 3D Balls: Merge.
