Livet i Svamperiget bliver endnu en gang forstyrret af kidnapningen af prinsesse Peach. Bowser kan ikke falde til ro og kan ikke finde på noget nyt end at kidnappe prinsessen. Mario i Super Mario Flash vil tage på en rejse for at redde en pige, det er ikke første gang for ham, og du har en grund til igen at blive en deltager i et sjovt eventyr. Guide Mario på tværs af platformene, hoppe på onde svampe og skildpadder. Find den store magiske fluesvamp, der vil gøre blikkenslageren til Super Mario. Derudover kan du finde en magisk blomst på platformene, som også vil styrke helten og give ham styrke i Super Mario Flash.
