Marios eventyr fortsætter i Super Mario Flash 2. hans tidligere mission for at redde prinsesse Peach var vellykket, men helten behøvede ikke at hvile på laurbærrene længe. Den stakkels prinsesse blev kidnappet igen og denne gang blev det gjort af en drage. Han anbragte fangen i tårnet og kræver fuldstændig underkastelse fra svamperiget. Mario havde endnu ikke haft tid til at hvile, men gik på vejen igen. Denne gang bliver han nødt til at møde flere fjender, de vil angribe i hobetal. Vær hurtig og adræt, mens du hopper på dine fjenders hoveder og ødelægger dem i Super Mario Flash 2.
