Din gård i Farmers Versus Aliens er under alvorlig trussel fra det ydre rum. Af en eller anden grund besluttede rumvæsner fra en fjern galakse at kidnappe dyr fra din gård, og det er slet ikke godt. Intet kan forklare tabet af levende væsner, hvem vil tro, at rumvæsener stjal køer, får, grise og heste. Du bliver nødt til at skjule dem, og for at gøre dette skal du hjælpe landmanden med at drive hvert dyr ind i et grønt trekantet område, hvor det tilsvarende dyr er tegnet. Dette vil skjule alle dine levende væsner fra aliens øjne. Men skynd dig, ellers starter de Operation Farmers Versus Aliens.
