Din helt hos Ninja Assassin er en morder Ninja, og han vil gøre sit job med din hjælp. Det består i ødelæggelse af dem, der i øjeblikket er blevet hans fjender. Faktisk er opgaven at rense lageret. Et stort angreb forventes på dem at rane. Vagter går rundt i værelserne med kasser og oplyser deres vej med lanterner. Hvis ninjaen er i zonen oplyst af lanterne, vil vagten se ham og angribe ham. Du skal vælges fra den mørke side og straks angribe. Hele processen er tavs, så andre vagter ikke er på vagt over for Ninja Assassin.
