Flerfarvede bobler har en tendens til at klæbe til forskellige overflader, som derefter skal rengøres. I spillet Bubble Tower indpakket boblerne uendelige høje tårne med et kontinuerligt lag. Din opgave er på niveau- at rense boblernes tårn, skyde mod dem med flerfarvede kerner. For at boblerne skal sprænge, kan du prøve at komme ind i en gruppe på tre og mere identiske bobler, som i farve svarer til farven på den kerne, du lancerede. Det nøjagtige hit er at gøre hele den ene-farvegruppe burst og dermed renser du tårnet i bobletårnet.
