På rumskibet Nautilus fejlede lavniveausystemer uventet. Computerne viser et rødt nødsignal og reagerer ikke på kommandoer i Nautilus Spaceship Escape. Der skal hurtigt gøres noget. Hovedknuden er placeret på broen, og hvis du under normale forhold nemt kan komme til den, så når systemet er ubalanceret, er nogle rum lukket, og du har ikke et nøglekort. Udforsk først de tilgængelige rum, saml alt, hvad du behøver for at løse de aktuelle opgaver, og derefter den vigtigste i Nautilus Spaceship Escape.
