Square in Catching the Flag ønsker at komme ud af de underjordiske katakomber, men for at gøre dette skal han nå flaget på hvert niveau. Der er ti af dem i alt, og du skal hjælpe helten med at overvinde forhindringer. Firkanten kan hoppe og glide, dette vil hjælpe dig med sikkert at undgå pigge og huller. Derudover vil der på hvert efterfølgende niveau blive tilføjet yderligere forhindringer, inklusive røde bolde og andre genstande, der konstant bevæger sig i forskellige retninger. Sværhedsgraderne stiger gradvist i Catching the Flag.
