Gåderne i Brain Line Connect får dig til at gætte, mens du bliver præsenteret for stadigt mere udfordrende opgaver. Spilelementer er de prikker, du vil forbinde, under hensyntagen til forskellige forhindringer. Forbindelsen skal være kontinuerlig uden at løfte hånden. Du kan ikke tegne langs den samme linje to gange. Spillet har fire dele, hver med snesevis af niveauer. Den fjerde del er naturligvis meget sværere end den første. Men du vil ikke være i stand til at skifte til det; dele, som niveauer, skal udfyldes én efter én i Brain Line Connect.