Missionen med Boss Hunter-spillet er at ødelægge alle og holde sig i live. Din helt vil hovedsageligt nå sine mål med sine næver. Hvis du ser reklamerne, får du en pistol med et begrænset sæt patroner, og i arenaen, hvor der vil være sammenstød med skarer af fjender, kan du samle et sværd op. Derudover kan du vælge din egen modstander blandt en række mutanter og aliens. Det er kampe for to, hvor hvis du vinder, vil du modtage mønter. Du kan bruge dem til at købe opgraderinger. Før du kommer ind i en kamp, skal du træne for at opbygge din styrke i Boss Hunter.
