Kyoto ung kriger består i størrelsesordenen ninjaer, der i hemmelighed tjente Kejseren af Japan, og udførte det meget komplicerede og hemmelige ordrer. Hvordan er vores helt blev tildelt den mission at trænge ind i huset af en af kejserens rådgivere til at stjæle dokumenter derfra. Huset blev placeret på en ø omgivet på alle sider af vand. Vores helt besluttede at bruge til dette kappe i stand til at holde det i luften. Vi er med dig i spillet Flappy Ninja hjælpe ham i denne. Igen stiger fra jorden, vores ninja fløj gennem luften. Hvad ville holde det blot klikke på skærmen under flyvningen. På vej til vores helt vil komme på tværs af forskellige forhindringer, der har brug for at flyve omkring ham. Hvis han vil stå dem, hans kappe og rive det vil gå ned ned og dø. Så vær forsigtig, og du vil lykkes.