I byen Zveropolis raser en epidemi, som bæres af luftbårne dråber. Kaninen Judith tog også op infektionen, og nu er halsen meget sår. Efter at have været syg i flere dage og bemærket, at hun ikke bliver bedre, besluttede hun at gå på hospitalet. Du i spillet Judy's Throat Doctor vil være hendes behandlende læge. Det første du skal gøre er at undersøge Judiths hals og diagnosticere hende. Derefter begynder behandlingen med forskellige medicinske apparater og medicin. For at lette denne proces er der et antydning i spillet, der fortæller rækkefølgen og rækkefølgen af dine handlinger.