I det gamle Japan var der to stærke militære ordrer. Disse var samuraierne og deres evige modstandere af ninjaen. Der har altid været en krig mellem dem, og vi i spillet Samurai Fighter vil deltage i denne konfrontation på siden af samurajen. Din karakter bliver nødt til at komme ind i templet for en af ninjaens ordrer og ødelægge deres hoved. Du er nødt til at gå gennem en række steder og kæmpe med fjendens soldater. Når du rammer en række slag og spark, skal du kæmpe tilbage. På samme tid se omhyggeligt. Du kan få genstande, som du kan bruge som et våben i dine kampe.