Helt få mennesker er tilbøjelige til forskellige sygdomme, der forårsager en masse problemer for en person. De opstår på grund af infektion i kroppen med forskellige mikrober. Forestil dig, at i spillet Germ War du vil finde dig selv i fremtiden, når menneskeheden kunne komme op med mikrostyrede skibe, der kommer ind i den inficerede organisme og ødelægge fjenden med deres hjælp. Du vil flyve på dette skib på spilleområdet og skyde fra specielle kanoner for at ødelægge alle skadelige mikrober.
