I et magisk land bor en lille munter tomat ved navn Tomato. En dag besluttede vores helt at besøge hans fjerne slægtninge. For at gøre dette bliver han nødt til at løbe ad en bestemt vej. Du i spillet Tomato Runner vil hjælpe ham med at komme til slutpunktet på sin rejse. På vejen efter vores helt vil støde på dips i jorden, forhindringer og små floder. Du bliver nødt til at klikke på skærmen for at få ham til at hoppe og således flyve over disse farlige dele af vejen. På vejen skal han samle forskellige genstande og mønter.