En ukendt rejsende er optrådt i svampenriget, men du kender ham udmærket - dette er en lejemorder, der er lejet morder. Han blev opfordret af kongen til evigt at ødelægge Bowser - rigets største fjende. Mario nægter for nylig at kæmpe, han er optaget af fredeligt arbejde, han var træt af at dø uendelige fejder med onde svampe og skildpadder. Vores helt vil erstatte ham, og hvor succes afhænger af dig. Hjælp ham med at gå gennem det komplekse platformlandskab i Super Assassin, ødelægge alle fjender ved at hoppe på dem og indsamle mønter. Nogle gyldne terninger har magiske frugter, hvis du finder og spiser dem, vil helten vokse.