Et fyldt føl ved navn Spirit er vokset til en smuk fullblods hest. En gang lykkedes han at flygte fra ranchen, og nu er han fri. Han rejser verden rundt, får venner, og du vil møde ham i Horse Run 3D, hvor han mødte en sød pige og aftalte at ride sig et stykke tid for at hjælpe pigen med at flygte fra sin onde stedmor. Hjælp heltene, hesten skal skynde sig langs de smalle gader i en lille by. På vejen kommer du over forskellige forhindringer, der skal undgås eller hoppe over, samle mønter og æbler for at genopfylde dyrets styrke.