Agent Smith i The Matrix er et agentmodul, et computerprogram, der jagter hovedpersonen Neo. Smith kan overskrive sig selv i andre agenter og derved skabe mange kopier af sig selv. I spillet Mr Smith skal helten kæmpe med en hel hær af Smiths, og han kan ikke undvære din hjælp. Det er nødvendigt at ødelægge fjenderne, da Smith betragter folk som en virus, hvilket betyder, at du ikke forventer nåde fra ham. På hvert niveau skal du ødelægge fjenden med nøjagtige skud. Hvis han ikke er i skudlinjen, skal du bruge en ricochet. Husk, at helten ammunition er begrænset. Deres nummer vises i øverste venstre hjørne. Held og lykke.