Flere UFO'er fra forskellige fremmede racer dukkede op over en af de store amerikanske byer. Der opstod en konflikt mellem dem, hvor du er i FlyUFO-spillet. io, bliv involveret med andre spillere. Hver af jer har en UFO i kontrol. Du bliver nødt til at bruge kontroltasterne til at få dit fly til at flyve over byen og samle forskellige prøver af den jordiske civilisation. Hvis du støder på UFO'er fra andre spillere, kan du begynde at jagte dem. Når du nærmer dig dem hurtigt, vil du ramme modstanderens UFO og få point for det.