I en fjern vidunderlig verden lever væsner som Pokemon med mennesker. Hver af dem har visse magiske evner. I dag, i det nye spil Pokémon Clover, satte du og en af Pokémon sig ud for at udforske skoven. Før du på skærmen ser du dine figurer, der bevæger sig langs skovstien. De bliver nødt til at samle en plante som kløver, som ifølge legenden har magiske egenskaber. I dette vil de blive forhindret af forskellige slags monstre. Du bliver nødt til at bruge kontrolpanelet til at styre handlingerne fra Pokemon. Under din vejledning vil han anvende forskellige slags magiske angreb og ødelægge fjenden.