Ben 10 bliver nødt til at prøve en morder, der er helt usædvanligt for ham. Hans modstandere var fremmede væsner, og deres ødelæggelse var noget naturligt, helt anderledes for at dræbe mennesker, og det er, hvad helten bliver nødt til at gøre i spillet Ben 10 Assassin. Du er nødt til at hjælpe fyren med at klare opgaven. Han bliver nødt til at komme ind i en af de bygninger, hvor det hemmelige laboratorium er placeret. En DNA-prøve fra en af udlændinge kom derhen. Det er nødvendigt at stjæle ham, så folk ikke kan finde ud af, hvem han er, og hvor han kommer fra. Laboratoriet er beskyttet af veluddannede militante, der skal fjernes. Hvis helten kommer til at se nogen af dem, skyder han, så du skal nærme dig og neutralisere fjenden bagfra i Ben 10 Assassin.