En hær af monstre invaderede kongeriget for de små træalver. I Fruit Legions: Monsters Siege leder du forsvaret af riget. Ved hjælp af en særlig værktøjskasse bliver du nødt til at dyrke specielle militære blomster. Derefter bliver du nødt til at undersøge vejen, langs hvilken hæren af monstre bevæger sig. Langs den på strategisk vigtige steder skal du placere disse blomster. Så snart monstrene dukker op, aktiveres dine blomster og begynder at skyde på dem. Ved at ødelægge monstre får du point. Når du har akkumuleret en vis mængde af dem, kan du dyrke nye, mere kraftfulde blomster.